Abyss—jurang menganga yang membentang ke kedalaman bumi, dipenuhi makhluk misterius dan relik dari masa lampau. Bagaimana jurang itu terbentuk? Apa yang ada di dasarnya? Banyak sekali individu pemberani, yang dikenal sebagai Divers, telah berusaha memecahkan misteri Abyss ini, dengan tanpa rasa takut turun ke wilayah tergelapnya. Para Divers terbaik dan terberani, White Whistles, dipuji sebagai legenda oleh mereka yang masih hidup di permukaan.

Riko, putri dari White Whistle Lyza the Annihilator yang hilang, bercita-cita untuk menjadi seperti ibunya dan menjelajahi ujung terjauh Abyss. Namun, karena dirinya sendiri masih seorang Red Whistle pemula, ia hanya diizinkan untuk menjelajahi lapisan paling atas. Meski begitu, Riko secara kebetulan bertemu dengan robot misterius yang berpenampilan seperti anak laki-laki biasa. Ia menamainya Reg, dan Reg tidak mengingat kejadian-kejadian sebelum penemuannya. Yakin bahwa teknologi untuk menciptakan Reg pasti berasal dari dalam Abyss, keduanya memutuskan untuk menjelajah ke dalam jurang untuk memulihkan ingatan Reg dan melihat dasar jurang besar itu dengan mata kepala mereka sendiri. Namun, mereka tidak tahu kenyataan pahit tentang keberadaan Abyss yang sebenarnya.